下载
Scotch最新版本目前为 6.0.6, 下载地址为:https://gforge.inria.fr/projects/scotch
安装依赖包
安装scotch依赖于make工具以及lex
和yacc
,可以通过如下命令确定自己的系统是否包含上述工具。
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| $ make --version
$ which lex
$ which yacc
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如果没有,可以通过apt包管理系统进行安装
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| $ sudo apt install make
$ sudo apt install flex # install lex
$ sudo apt install bison # install yacc
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Configuration
1.在src/目录下创建Makefile.inc
文件,根据自己系统安装的 C 编译器进行选择。
如果您的系统是x86_64
构架的,而且也安装了icc编译,可以将Make.inc/
目录下对应的Makefile.inc
复制过来或者建立软链接:
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| $ cd src
$ ln -s Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.icc Makefile.inc
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如果您的系统是x86_64
构架的,而且安装的是gcc编译,可以将Make.inc/
目录下对应的Makefile.inc
复制过来或者建立软链接:
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| $ cd src
$ ln -s Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 Makefile.inc
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安装 scotch
一旦您建立了自己的Makefile.inc文件,那么安装scotch只是一个很简单的命令
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| $ make scotch #将scotch安装在src/上一级目录下
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安装 ptscotch
安装ptscotch首先需要MPI环境,因此需要安装MPICH或OPENMPI。安装MPICH的步骤点击这里,安装OPENMPI的步骤可参考SeisMan。
有了MPI环境后, 需要对刚才新建的Makefile.inc
进行修改,由于文件比较小,这里贴上我修改过的Makefile.inc
文件。
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| EXE =
LIB = .a
OBJ = .o
MAKE = make
AR = ar
ARFLAGS = -ruv
CAT = cat
CCS = icc
CCP = mpicc
CCD = icc
INC = /opt/mpich3.2/include # 新增此行, 根据自己MPICH的安装目录修改
CFLAGS = -O3 -I$(INC) -DCOMMON_FILE_COMPRESS_GZ -DCOMMON_PTHREAD -DCOMMON_RANDOM_FIXED_SEED -DSCOTCH_RENAME -DSCOTCH_PTHREAD -DIDXSIZE64 # 去掉了 -restrict 选项,不然编译会报错
CLIBFLAGS =
LDFLAGS = -lz -lm -lrt -pthread -lirc # 新增 INTEL 的 irc 库文件,不然编译会报错
CP = cp
LEX = flex -Pscotchyy -olex.yy.c
LN = ln
MKDIR = mkdir
MV = mv
RANLIB = ranlib
YACC = bison -pscotchyy -y -b y
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修改上述地方后,$ make ptscotch
进行ptscotch的安装。
检查是否安装成功
修订历史
- 2017-05-22:初稿
- 2019-01-03:更新 scotch 版本为 6.0.6